Die Themenschwerpunkte Holzhandwerk, Weben und Textilhandwerk, Gold- und Silberschmiedearbeiten sowie Die Alamannen als die ersten Christen in Süddeutschland werden besonders vertieft, und zwar mit Forschungsergebnissen, die zum Teil erstmals der Öffentlichkeit vorgestellt werden.
Neben zahlreichen archäologischen Originalfunden gibt es im Alamannenmuseum auch Inszenierungen zu verschiedenen alamannischen Lebenssituationen in Originalgröße, interaktive Medien mit Bildschirmen und bewegten Bildern sowie zahlreiche Ausstellungselemente zum Anfassen und Mitmachen.
Ebenso eingebunden in das Museumskonzept ist der Museumsgarten mit der dahinterliegenden mittelalterlichen Nikolauskapelle, zum Beispiel mit einem rekonstruierten Getreidespeicher aus Lauchheim und einem Gemüsegarten der Alamannenzeit.
